防治地下水污染的方法主要包括：
加強生態環境保護。嚴格控制城鎮污染，強化市政污水管網滲漏治理，加強重點行業企業地下水環境監管，控制工業危險廢物對地下水的影響。
分類控制農業面源污染。規範化建設畜禽養殖場，逐步減少使用化肥和農藥。
採取有效治理措施。嚴格防控污染土壤和污水灌溉對地下水的污染。
進行地下水污染狀況調查。建立地下水環境監管體系，爲管理者長期地下水污染防治、環境保護和管理提供依據。
阻斷污染源。及時切斷污染物在地下水的污染途徑，避免引起各層地下水串層污染。
加強預防。建立健全地下水環境監測體系，提高地下水環境保護執法裝備水平。
實施地下水污染分區防治。以地下水飲用水水源安全保障爲重點，結合區域水文地質條件分析，綜合評價區域地下水環境特徵，劃定地下水污染治理區、防控區和一般保護區。
污染修復治理。開展地下水污染修復治理示範工程，恢復示範區地下水使用功能。
嚴格監管。加強重點工業行業地下水環境監管，嚴格地下水飲用水水源保護與環境執法。
規範地下水狀況調查評價與規劃編制。實行地下水取水總量控制和水位控制制度，禁止開採難以更新的地下水。
完善地下水污染防治措施。建立地下水污染防治重點區劃定製度，加強監督管理。
採用先進技術和管理方法。如物理法、化學法和生物法等，用於地下水污染物的處理和去除。