《妖怪手錶2》的流程攻略主要包括以下任務：
任務1：發現！未確認飛行妖怪。首先，去鄉下學校找到妖怪花子得知看到不明飛行貓。然後，分別去キウチ山の山頂、おおもり山の山頂、さくらEXツリーの展望台，在望遠鏡里用手錶找到ロボニャン並對戰。最後，回學校和花子報告。
任務2：未來からの使者たち（本家限定）。在そよ風ヒルズ的リリィガーデン和兩個說話的小女孩對話。然後，去リリィガーデン的停車場發現有一群貓聚集在一起，用手錶照之發現有ロボニャン，此時需要ヒライ神（雷藏進化型）來給他充電。這隻ロボニャン感知到附近還有別的ロボニャン存在！分別去コインランドリー的メリー（商店街旁邊的廢棄洗衣房）、さくらビジネスガーデンビル13階（會社大廈13層，需要幻覺老師）、從ないしょの橫道進去的桜町地下水道，用手錶照出ロボニャン。最後，回到リリィガーデン的停車場，四個ロボニャン吵得不可開交（Robonyan is only one!），要你選一個真的，隨便選，你選的那只會和你成為朋友，別的三個會生氣和你對戰。以上任務入手後，有報告本家限定任務可以無限刷ロボニャン。
完成這些任務後，就可以探索遊戲的更深層次內容了。