《完美世界》是一部描繪了主角石昊（荒天帝）從少年至尊成長至世間巔峯的奇幻冒險故事。石昊出生在下界的荒域石國武王府，儘管天生至尊，但小時候至尊骨卻被家族挖去，接在了同性家族哥哥身上。石昊的父母爲了救他，將他放在石族祖地石村，出去尋找靈藥。石昊展現出異稟天賦和超凡戰鬥力，得到柳神的教導，修行原始真解，並在鯤鵬巢穴獲得鯤鵬寶，成爲無敵的存在。
隨着劇情發展，石昊發現他所處的荒域實際上是天、地、玄、黃、宇、宙、洪、荒八個界域中的一部分。這八域被視爲牢籠，關押着遠古犯人及其後代，被稱爲罪血。石昊決定爲八域正名，並打破荒域的束縛，前往三千道州，這是一箇高手雲集的地方，屬於九天十地之一。在三千道州，石昊結交朋友，加入天神書院，並接觸到九天十地的核心祕密。
九天十地原本是一塊完整的大陸，被異域打碎後分裂成十九塊，稱爲“九天十地”。異域是九天十地的敵人，每個紀元都會入侵九天十地。石昊與其他人一起抵抗異域的進攻，展現神威，但後來被出賣，進入異域，瞭解仙域的存在。仙域與九天十地是陣營關係，但在黑暗侵襲後關閉了兩界大門。
隨着故事進展，九天十地進入末法時代，資源枯竭，不適合修行。石昊在專心修煉至仙王境界時，遭到異域三名仙王級別高手的偷襲。故事背景涉及諸天萬界的歷史，包括準帝級別的強者、黑暗動亂、仙古紀元時代的修煉體系等元素。