《小小夢魘2》的故事是關於一個小男孩的冒險故事。 在《小小夢魘2》中，主角從一開始就獨自被困在夢境之中，在無數次的夢境與現實之中，主角不斷成長，挑戰越來越多的事情。遊戲的前半部分是主角與女孩的相遇。後半部分則是主角與女孩分離，獨自面對夢魘的故事。