《小小忍者》中的技能多樣，適合不同的戰鬥策略和遊戲場景。以下是一些主要的技能介紹：
速度控制流。五行封印、屍鬼封印、怪力、千鳥、落雷、色誘、大瀑布等。例如，五行封印和屍鬼封印用於控制對手，而怪力和千鳥則是強大的攻擊技能。
反傷流。特點是血量高、攻擊力強。對付這種流派的忍者，可以採取上屍鬼封印和傀儡術，同時使用替身術和五行封印來削弱對手。
秒殺流。攜帶引爆粘土、千鳥、怪力、蓮華、落雷、炸彈、烈風掌、螺旋丸等技能。這種流派的忍者追求快速秒殺對手，可以採取控制加復活的策略來對抗。
萬金油流。結合多種技能，如咒印、八門、怪力等。對付這種流派的忍者，使用有聯繫的技能組合是取勝的關鍵。
基礎技能。如忍者翻騰、忍者飛鏢、忍者劍術、忍者閃避等，用於提升靈活性、長途攻擊能力、近戰攻擊和防禦。
戰鬥技能。如暗殺、色誘術、替身術、奈落見術等，這些技能在戰鬥中發揮重要作用。
此外，還有如八門遁甲、天之咒印等通用技能。根據不同的戰鬥情況和對手流派，選擇和搭配相應的技能是提高勝率的關鍵。