尹姓的起源較為複雜，主要有以下幾個來源：
出自少昊金天氏。少昊是古代東夷族的首領，其子殷被封於尹城，並擔任工正（主管手工業的官職），後代以封邑名為姓，從而形成尹姓。
出自西周太師兮甲，字伯吉甫。他是周宣王的大臣，因戰功被封為「師尹」，其後代中有的以「尹」為姓。
出自羋姓。羋姓源於南方楚國，後來有衍化為尹姓。
出自伊尹後裔。伊尹是商代初期的相國，其後人中有以官職「尹」為姓的。
少數民族漢化改姓。蒙古族、滿族、錫伯族、白族、苗族、壯族、朝鮮族等少數民族中也有以「尹」為姓的。
尹姓的發源地主要包括河南、山西、陝西一帶，並在歷史上不斷遷徙，遍布全國。