山葵的保存方法有多種，具體取決於山葵的形式和保存時間的長短：
新鮮山葵。可以在冰櫃中保存約一周，在冷凍中可以保存一個月左右。如果需要長期保存，可以將新鮮山葵浸泡在水中，並每天換水，同時避免陽光直射，在通氣良好的地方可以保存大約一個月。未用完的新鮮山葵可以用濕廚房紙巾包裹後，再用保鮮膜包裹放入冷藏室。
山葵種子。最適宜的儲存溫度為0~5℃，在這個溫度下，山葵種子的新陳代謝減緩，能夠保持良好的萌發率。儲存時，濕度應控制在10%到12%之間，同時要保證良好的通風，以避免種子腐爛或發霉。
牙膏管狀山葵。在未開封的狀態下可以保存6到12個月，開封後冷藏可保存約3個月。
鐵製鯊魚皮芥末板。使用後可以用保鮮膜包裹並放入冰櫃保存。