巢式PCR（Nested PCR）是一種改進型的聚合酶鏈反應（PCR）技術，它涉及兩輪PCR擴增和兩套引物對。以下是巢式PCR的原理：
第一輪PCR：使用外引物（第一對引物）對靶DNA進行擴增。這一輪擴增產生大量的DNA片段，其中包含目標序列。
第二輪PCR：在這一輪中，使用內引物（第二對引物）對第一輪PCR的產物進行再次擴增。內引物的設計是為了特異性地結合第一輪PCR產物內部的特定序列，因此第二輪擴增的產物通常比第一輪的產物更短，且更加特異。
巢式PCR的優點包括：
高特異性：由於內引物結合在第一輪PCR產物的內部，錯誤片段上引物配對的機率極低，從而提高了擴增的特異性。
提高靈敏度：通過兩輪擴增，即使是低豐度的基因也能被有效地擴增出來。
適用於部分已知序列：當目標序列的部分序列已知時，可以使用特異性引物與非特異性引物相結合的方法來擴增完整的目標序列。
在實驗操作中，第一輪PCR產物通常會被稀釋後作為模板用於第二輪PCR，以提高特異性並減少非特異性產物的形成。此外，兩輪PCR擴增通常各自進行15到30個循環，以確保目標序列得到有效的擴增。