巨蛇座的故事源於古希臘神話。在神話中，巨大的蛇神巨蛇是巨蛇座的一部分，它被稱為拉冬，是海神波塞冬的寵物。它經常從愛琴海中爬出來，攻擊過往的船隻。
有一天，天后赫拉看到她的牛在拉冬的攻擊下驚慌失措，於是她變成一個牧羊人去拯救它們。當拉冬攻擊時，赫拉抓住它的尾巴，試圖把它拉回海中。儘管赫拉盡了全力，但拉冬仍然無法被拉回海里。最後，赫拉只好求助於她的兄弟大力神赫菲斯托斯。在赫菲斯托斯的幫助下，他們終於把拉冬趕回了大海。
為了紀念這次勝利，天空中出現了巨蛇座的形狀，而赫拉和赫菲斯托斯則成為了星座的一部分。這個故事也成為了其他星座故事的靈感來源，如英仙座、天鵝座和仙女座等。
總之，巨蛇座的故事源於古希臘神話，講述了海神波塞冬的寵物巨蛇攻擊過往船隻，天后赫拉和大力神赫菲斯托斯將其趕回大海的故事。這個故事成為了其他星座故事的靈感來源。