巫姓的始祖是黃帝時代的巫醫巫彭，他是中國醫學的開創者。巫姓的起源有幾種說法，一種是源於上古時期的巫彭，由城字而得姓。另一種是源於魯國的公巫召伯，召公為周文王的兒子，封號為公爵，居於召（今陝西省岐山縣西南），稱召伯，他的子孫後代稱為「公巫氏」，後來簡化為巫姓或召姓等。還有一種說法是，巫姓還可能源於官職名，在商朝時期，設定了一種官職名為巫祝，是專門負責占卜的，這些巫祝的後人便以祖先的官職為姓，形成了巫臣氏，後來簡化為巫姓。
巫姓的郡望有平陽，這個地方本來是周代初期邾國之地，後來變成魯國的一個邑，上古以來的巫氏家族源遠流長，主要繁衍於平陽一帶，即今山東省的鄒縣一帶。巫姓在大陸沒有列入百家姓前一百位，在台灣位列百家姓第八十五位。