巫教的起源具有深厚的歷史背景，其根源可以追溯到上古時代的祭祀文化，在中國的歷史非常悠久，原始社會時期，由於人類對自然現象理解有限，對雷電、火山噴發等自然現象感到恐懼，認為這些是神的憤怒，因此產生了圖騰崇拜和祖先崇拜。
在北京山頂洞舊石器時代的墓地中，發現了撒有赤鐵礦粉末的屍骨和隨葬品，這表明靈魂信仰和祖先崇拜已經出現。到了新石器時代，類似的發現更加豐富，如在西安半坡仰韶文化遺址中發現了為死者撒赤鐵礦石粉末和在葬具上鑿出孔洞以便靈魂出入的習俗。這些發現都指向了巫教存在的早期證據。
同時，歐洲的尼安德特人也出現了類似的靈魂信仰和葬禮習俗，如安葬死者和顱骨葬的出現，這些都可以追溯到舊石器時代晚期。
春秋時期，巫師在社會中扮演著重要角色，被視為神明與人之間的中介，具有較高的社會地位。然而，隨著理性主義和高揚的思想出現，巫師的地位開始下降。到了戰國時期，各國開始進行社會改革，包括去打壓和排斥巫教。秦國統一六國後，巫教在官方和上層社會中的影響力進一步減弱，逐漸轉變為民間宗教。
此外，道教的形成與巫教有著密切的聯繫。許多古代巫教的儀式、信仰和思想被道教吸收和改造，形成了新的宗教體系。道教中的一些儀式和信仰仍然保留了古代巫教的痕跡。