巴西龜過冬的方法取決於其大小和飼養環境。對於不需要冬眠的巴西龜，應保持水溫在20度以上，可以通過加溫裝置來實現。在餵食方面，要增加肉類食物的供應，確保巴西龜攝入足夠的脂肪、鈣和維生素。對於需要冬眠的巴西龜，應在冬眠前一週停止餵食，讓它們排空腸胃。
冬眠的環境有多種選擇：
陸地冬眠。在容器中鋪上厚厚的溼沙，巴西龜會自己挖洞冬眠。需要定期噴水保持沙子的溼度。
水中冬眠。適合長期生活在水中的巴西龜。水深不宜超過龜殼，且水中應有一箇休息的平臺。
椰土或沙土冬眠。在容器中鋪上溼椰土或沙土，讓巴西龜在其中冬眠。需要定期灑水保持溼度。
無論哪種冬眠方式，都應注意不要打擾巴西龜，並定期檢查其健康狀況。特別小的巴西龜（背甲在5釐米以下）不宜冬眠，需要提供額外的加溫設備幫助它們過冬。在室內飼養的巴西龜，冬天最好移入室內，避免溫度過低影響健康。