約翰·塞巴斯蒂安·巴赫的死因至今沒有明確的醫學證據支持。根據現有的記載，巴赫在生命的晚期遭受了嚴重的眼疾，視力下降，這直接影響了他的作曲工作以及他在托馬斯教會的工作。儘管有分析認為巴赫可能患有白內障，並且家族中也有其他人遭受類似的眼疾，但即使到了晚年，他仍然堅持創作音樂，甚至在視力嚴重受損的情況下完成了《而今我走向主的寶座前》等作品。
現代歷史學家提出的死因包括中風和肺炎的併發症，這可能是導致巴赫最終辭世的原因。然而，值得注意的是，巴赫的去世並非僅僅由健康問題決定，他的個人生活也經歷了巨大的挑戰，包括早年失去親人、與表妹的近親結婚導致子女夭折、以及第二任妻子的孩子們的生存問題。這些經歷無疑對他的健康和心理狀態產生了深遠的影響。
綜上所述，巴赫的死因是多方面的，既包括了健康問題，也與他的個人生活經歷有關。儘管眼疾對他的生活和創作產生了重大影響，但他的音樂才華和對宗教信仰的堅持使他能夠在生命的最後階段繼續創作出感人至深的作品。