市場機制存在以下缺陷：
外部性問題：市場機制無法有效地解決某些經濟活動對其他個體產生的不利影響，這些影響被稱爲外部性。外部性可以分爲外部經濟和外部不經濟兩種，前者是指由某一生產者或消費者帶來的，由其他個體無償享受的利益，如養蜂場帶來的鄰近農作物的花粉；後者則是指由某一生產者或消費者所致的，由其他個體承擔的損失，如企業對自然環境的污染。
公共商品和公共財貨的提供：市場機制不能充分地提供公共商品，如國防、燈塔等，因爲這些商品具有消費的不可分性和非敵對性，即某人消費時無法排斥他人同時分享。此外，市場機制也無法提供公共財貨，如政府提供的社會秩序維護設施和勞務，這些財貨往往需要政府投資，企業或個人缺乏投資動機，容易引起壟斷。
不完全競爭：市場機制可能存在信息不對稱的問題，這會導致資源配置效率降低。完全競爭的理想模式包括價格既定、產品同質、要素自由流動和信息的充分性，但在現實中，這些條件幾乎都不存在。
市場失靈：市場機制無法解決總量問題，無法有效地協調微觀利益和宏觀利益，無法自發地消除壟斷，調節帶有一定的盲目性和滯後性，會造成社會資源的浪費，以及單靠市場經濟無法實現社會公平。
社會福利和收入分配的公平化問題：市場機制無法解決社會福利和收入分配的公平化問題，效率與公平之間存在矛盾。
宏觀經濟總量平衡的確定和控制：市場機制不能確定和控制宏觀經濟總量平衡，存在調節的滯後性和盲目性。