市舶司的主要職責包括：
船舶管理：負責檢查出海船舶是否攜帶違禁品，並確保船舶遵守相關規定。宋代規定，商船必須在指定港口領取“公憑”或“公據”才能出海，市舶司官員會同轉運司官員上船檢查，覈對貨物品種和數量，確保沒有夾帶違禁品。
徵榷：包括抽解、博買和禁榷。抽解即徵收關稅；博買是政府指定市舶司按一定比例以官價收購的部分商品；禁榷貨物是指由官方機構專營的貨物。
管理舶商：海舶出發前必須到市舶司登記，領取公據或公憑、引目，回航時必須在原發航港口“住舶”，給予“回引”才準通行。
徵收舶稅：名爲“抽解”，也有稱爲“抽分”。抽解的比例常有變化，通常是十分抽解一分，也有十分抽二、三、四的情況。
收買舶貨：名爲“博買”，也稱爲“抽買”、“和買”、“官市”。官府抽買後，剩餘的貨物才准許賣給商民。
處理舶貨：對抽解、博買所得的舶貨進行處理，珠寶及輕便商貨搬運入京，其餘粗重難以起發之物在當地出賣。
綜上所述，市舶司在宋、元及明初時期，作爲管理海上對外貿易的官府機構，承擔了包括船舶管理、徵榷、管理舶商、徵收舶稅、收買舶貨以及處理舶貨等多項重要職責。