引物合成是一種將特定的核苷酸序列連線到固相載體上的過程，通常採用固相亞磷醯胺三酯法。以下是其合成步驟的詳細介紹：
去保護。首先，將預先連線在固相載體上的活性基團被保護的核苷酸與三氯乙酸反應，去除其5'-羥基的保護基團DMT，獲得游離的5'-羥基。
縮合連線。然後，將亞磷醯胺保護核苷酸單體與活化劑四氮唑混合，形成核苷亞磷酸活化中間體，並與溶液中游離的5'-羥基發生縮合反應。
加帽反應。在縮合反應中，可能有一些5'-羥基沒有參與反應，可以用乙酸酐和1-甲基咪唑終止合成，這種短片段可以在純化時分離掉。
氧化穩定。最後，在氧化劑的作用下，亞磷醯形式轉變為更穩定的磷酸三酯，使DNA磷酸骨架更穩定。
此外，在合成過程中，還可以根據需要選擇不同的合成程式和純化方法，以確保引物的質量、純度和特異性。合成完成後，引物需要進行切割、純化和定量處理，然後以適當的形式儲存，如C18柱脫鹽、分裝抽乾等。