彩色玉米是通過雜交培育出來的。
這種玉米並不是轉基因產品，而是由不同顏色的玉米品種經過異花授粉雜交選育出來的。在雜交過程中，紫色、黑色、白色等不同顏色的玉米品種的雄花花粉授給某棵雌穗，就能培育出顏色多樣的彩色玉米。彩色玉米的顏色是由花青素的影響，不同的花青素種類導致玉米粒呈現不同的顏色。
此外，彩色玉米也是玉米的一箇自然變種。在玉米的原產地美洲，玉米的顏色本來就多樣，相應的色素都是由玉米自身產生的。近現代選育的商業品種主要以黃色和白色爲主，其他顏色相對少見。但通過雜交育種，人們仍然能夠培育出彩色的玉米品種。