微生物肥料可以根據其成分、作用和類型進行分類。常見的微生物肥料包括：
根瘤菌肥料。通過與豆科植物共生，利用豆科植物提供的養料進行生物固氮，增加土壤中的氮元素。
固氮菌肥料。在土壤和作物根際中同化空氣中的氮氣，供應作物氮素營養。
解磷菌肥料。能夠將土壤中難溶的磷轉化爲可被作物吸收的有效磷形式。
硅酸鹽細菌肥料。能夠分解土壤中的含鉀鋁硅酸鹽，釋放鉀、磷等營養元素。
菌根真菌肥料。包括外生菌根菌劑和內生菌根菌劑，能夠提高植物的營養吸收能力。
放線菌類肥料。如抗生菌肥料，具有促進植物生長和抑制病原菌的作用。
複合型微生物肥料。由兩種以上的微生物組合形成，具有多種功能。
此外，根據微生物種類，微生物肥料還可以分爲細菌類肥料、放線菌類肥料、真菌類肥料和藻類肥料。這些肥料主要通過其中所含微生物的生命活動，增加植物養分的供應量或促進植物生長，提高產量和改善農產品品質。