微生物鑑定是用於確定微生物的種類、種屬甚至品系的過程。
微生物鑑定的方法主要包括形態學鑑定、生理生化鑑定、分子鑑定等。形態學鑑定是通過觀察微生物的外觀形態，如菌落的形狀、顏色、大小等，並與相關文獻進行對照來確定其物種。生理生化鑑定是指觀察微生物在不同環境條件下的生長、代謝、產物等生理特性，結合相應的生化反應進行分析來確定微生物的種類。分子鑑定則主要基於16S rRNA序列分析或基因測序等分子生物學技術，用於鑑定難以培養或難以通過形態學和生理生化方法鑑定的微生物種類。在實際應用中，這些方法可以單獨使用，也可以結合使用，以獲得更準確的鑑定結果。