徽州府衙的布局以八腳牌樓為主，結合花園式設計，其中包括山、水和風景元素。府衙整體布局體現了中軸線式的設計理念，將古城的其他重要建築如城牆、牌坊、譙樓、鐘樓等通過中軸線相連，形成了一軸、五門的格局。建築群坐北朝南，主堂位於中心位置，各建築院落的距離和比例經過精心設計，使得整個府衙布局猶如縮小版的故宮，因此有「府衙是縮小的故宮，故宮是放大的府衙」的說法。
此外，徽州府衙還包含其他特色布局，如汪氏家祠、李氏家祠、奚氏家祠、葉氏家祠和鶴華秋色等。這些布局各自體現了整齊式的設計風格，並且有的還參考了現實生活中的徽派呈坎村進行布局。例如，奚氏家祠位於抬閣巷、呈坎巷和狀元巷，而鶴華秋色則位於致知巷和格物巷，以廣寒宮和山寺塔林為主，南邊有花路連線李氏家祠。