在《口袋妖怪心金》的二周目中，玩家首先會回到家中，然後下樓與木博士對話。木博士會讓玩家前往淺蔥市，並乘坐輪船前往關東地區的枯葉市。在船上，玩家需要幫助老爺爺尋找他失蹤的孫女。完成這一任務後，老爺爺會送給玩家一個金屬外套。
到達枯葉市後，玩家應該前往垃圾桶，並注意機關是隨機的。玩家需要找到兩個關鍵的機關才能與主會面。在枯葉市，玩家可能會遇到不同等級的寶可夢訓練師，例如Lv47的皮蛋和Lv53的光精靈。玩家需要戰勝這些訓練師，以證明自己的實力。
接下來，玩家應該前往金黃市，通過6號道路前行。在金黃市，玩家可能會遇到Lv53的光精靈和Lv53的吸魔偶，以及一些其他訓練師。玩家需要戰勝這些訓練師，並收集黃金徽章和TM48特性交換。在金黃市的廣播台，玩家需要與台長對話，了解目前廣播台力量不足的情況。
然後，玩家應該前往發電場，解決設備丟失的問題。玩家可以通過9號道路的小溪到達發電場。在發電場，玩家需要戰勝Lv49的沼王和Lv52的乘唱歌線等訓練師，以幫助恢復發電場的正常運作。
最後，玩家應該返回實驗室，將發電場的設備歸還給博士。博士會感謝玩家的幫助，並給予獎勵。