忍者亂太郎的故事主要圍繞一所叫做"私立忍者學校"的學校以及學生們展開。在這個學校里，學生們需要學習忍者的各種技能和知識，包括劍術、忍術、草藥知識等等。故事的主角就是亂太郎和他的朋友們，他們通過學習、實踐和戰鬥，不斷提高自己的忍者技能和智慧，同時也結交了許多新的朋友。
在故事中，亂太郎和他的朋友們經常需要解決各種事件和危機，包括對抗敵對忍者學校的挑戰、保護村莊和城鎮免受邪惡勢力的侵害等等。這些事件和危機不僅考驗著他們的忍者技能和智慧，也鍛鍊了他們的勇氣和毅力。
此外，忍者亂太郎的故事中還充滿了各種幽默和搞笑的元素，學生們在學習忍者技能的過程中經常會出現各種意外和搞笑的場面，給觀眾帶來了許多歡樂。同時，故事中也傳達了許多積極向上的價值觀，包括友誼、勇氣、智慧、團結等等，這些價值觀對於觀眾來說也具有很強的教育意義。
總之，忍者亂太郎的故事是一個充滿趣味和教育的忍者題材故事，通過講述學生們在學習忍者技能和解決危機過程中的成長和變化，給觀眾帶來了許多歡樂和啟示。