怪物彈珠馬那露西法故事主要講的是一隻怪物名為“瑪那露西”，被村民所捕獲，通過對其了解和幫助後與村長展開的作戰計畫。村長等人設法解決不斷湧出的各種怪物的襲擊，也引來了大量民眾的支持和加入。其中部分故事主要體現有如下部分。
- 在隊伍配置方面，它並不是僅僅靠最強陣容來推圖，反而經常會有意想不到的配置來通關一些需要解謎或者限制隊伍能力的關卡。
- 在情感表現方面，故事裡玩家並不是簡單打怪升級，而是在關卡中遇到同伴怪物一起生活戰鬥與主角與命運鬥爭相互結合的情感線索。
- 劇情中還有一些非常特別的環節如刷機狂魔紅刺和在後續故事裡被女鬼搞崩人設的野太郎也會一起參與到遊戲玩法中來。
此外，遊戲中有四個角色的個人故事可解鎖，分別是黑岩、姬、和黑威以及千佳，通過觀看他們的故事，玩家能夠更好地理解他們的背景和性格。
總的來說，怪物彈珠馬那露西法故事是一個充滿情感、策略和互動的故事，玩家可以在其中體驗到遊戲的樂趣，並更好地理解角色的背景和性格。