在《怪醫黑傑克》的結局中，黑傑克揭露了當年爆炸案的真相，並利用蓮花血液研製出了治療新型病毒的血清。他成功拯救了所有人，並將這種血清命名爲本間血清，以紀念本間醫生。最終，黑傑克帶着皮諾可回到了家鄉，在海邊重建了一所房子，並與衆人一起快樂地生活。