應天書院的玩法主要包括以下幾個方面：
管理書院。玩家可以通過管理應天書院來提升書院的名譽，通過處理隨機事件，可以增加學生的學識，進而提升書院的名譽。
升級書院建築。應天書院包含廬舍、教官宅、前講堂和狀元門四大建築，玩家需要通過升級這些建築來提升書院的整體能力，每次升級建築都需要消耗行動力。
處理突發事件。書院中每60分鐘會發生一次隨機事件，事件的結果可能導致獲得收益或造成損失。
獲取行動力。應天書院的每次操作都將消耗行動力，玩家可以通過完成活躍任務和使用道具“應天書院印章”來獲得行動力。
學生學識與名譽。學生的學識等同於書院名譽值，學生的學識初始爲50~500，活動結算時，根據學識獲得對應的身份，身份將提供額外的名譽值。
排名獎勵。活動結束時，根據名譽值進行排名，玩家可以領取排名獎勵，同時，達成對應的評價還可以獲得評價獎勵。
發展路線。玩家可以根據自己的策略選擇不同的發展路線，比如“精英教育”或“大衆教育”，這些路線決定瞭如何分配有限的行動力以達到最佳的名譽增長效果。