戊二醛的保存需要遵循幾個重要的原則。存儲溫度應該低於25攝氏度，一般的儲存溫度為2~8攝氏度，即冰櫃溫度。戊二醛是一種揮發性化學品，因此在容器密封性方面有著較高的要求。儲存戊二醛應該使用密封性好的玻璃瓶或塑膠瓶，瓶蓋應緊閉，為了進一步防止戊二醛氣體洩漏，瓶口還應該配鎖扣，以保持容器完全密閉狀態。
由於戊二醛有著較強的腐蝕性和揮發性，存儲容器要具有一定的耐腐蝕性和密封性。一般建議選擇玻璃瓶或聚乙烯瓶等材質質量較好的容器來存儲戊二醛。儲存戊二醛應該選擇乾燥、陰涼、通風的地方，遠離熱源和直接陽光照射，同時要放在兒童無法接觸的地方。
在使用戊二醛時，要避免與其他化學品混合儲存。室內禁止吸菸，禁止火源，如煙火、明火等，同時要保持通風良好，防止擴散。在打開容器蓋子時，應輕擰蓋子，避免劇烈扭轉，以免因瓶蓋打開脫落而造成戊二醛洩漏。在使用戊二醛後，應及時將空瓶正確處理，不要將空瓶直接丟棄到普通垃圾桶中。