《我的妹妹哪有這麼可愛!》的結局是，京介拒絕了所有女孩的告白，並在與桐乃舉行婚禮後恢復了兄妹關係。這個結局意味着所有女孩都沒能獲得幸福，特別是新垣綾瀨，她一開始最有可能和京介在一起，但最終沒有把握好機會，輸得一塌糊塗。在多次尋求京介幫助後，她對京介的喜歡程度不比喜歡桐乃的程度低，但她卻難以接受這個事實。最終，京介向黑貓坦白，並向妹妹桐乃告白，而綾瀨則因爲不坦率，在很長一段時間裏都有贏的機會，但她沒有抓住機會，所以在最後輸得一塌糊塗。
另一方面，動漫中的結局是爲了過審符合正確的社會價值取向，讓他們再次成爲普通兄妹。作者的暗示是二人轉入地下，這其實是對二人最好的結局。假情侶結束後，二人照樣親熱，人生商談仍在繼續。
最後，京介承認了自己喜歡妹妹，並且在考試的前一天，兩人真正地約會了一次，還去了以前的禮堂結了婚。