政企不分的弊端主要包括以下幾點：
角色混亂和監管缺失。政企不分會導致政府行為與企業行為混淆，公益性與經營性建設不分，同時，監管者和被監管者的同一性使得監管效果大大降低。
效率低下和「瞎指揮」。由於政企不分，政府直接參與投資建設活動，可能導致投資建設的盲目性和低效性，同時，為了追求政績，可能出現忽視效益的情況。
市場化的障礙。政企不分會阻礙市場的有效運行，高度壟斷的企業結構不利於市場競爭，影響市場主體的多樣性和創新性。
企業缺乏自主權。政企不分會導致企業缺乏必要的生產經營自主權，影響企業的活力和市場競爭力。
社會生產力發展受限。企業沒有獨立性和自主性，難以成為市場經濟中的獨立主體，從而束縛了社會生產力的發展。
腐敗和低效的土壤。政企不分可能導致政府與企業之間形成利益輸送通道，增加腐敗風險，同時也可能導致資源配置的低效。
綜上所述，政企不分不僅影響政府監管效能和市場機制的發揮，還可能導致企業缺乏活力和效率，增加腐敗風險，對社會生產力發展構成制約。因此，實現政企分開是提高政府治理效率、促進市場健康發展、增強企業活力的必要條件。