電影《新宿事件》的故事背景設定在東京的宿營地，講述了在中國長大的三兄弟中老大因為殺人在逃亡到日本後發生的故事。這個故事展示了在日本非法移民的悲慘生活，以及他們為了生存而付出的巨大代價。影片也揭示了黑幫的殘忍和冷酷，以及主人公們為了保護彼此而展現的兄弟情義。
在故事中，主人公鐵頭（劉德華飾）是一個在中國長大的非法移民，他在日本新宿的地下黑社會中奮鬥，試圖建立一個家庭並與當地黑幫建立互惠關係。然而，黑幫老大二禿（加藤雅也飾）的目標卻是鐵頭的妻子小花（福山真優飾），這引發了一場悲劇性的衝突。在故事的結尾，鐵頭、二弟（郭小龍飾）和四弟（董玉峰飾）為保護彼此，決定向二禿的黑幫發起反擊。
故事還揭示了其他角色和他們之間的關係，包括鐵頭與妻子小花的關係，他們曾經有著美好的生活夢想，但在非法移民的殘酷現實面前變得遙不可及；以及鐵頭與弟弟們的兄弟情義，他們相互扶持、共度難關。影片最後留下了開放式結局，觀眾可以根據自己的理解和想像續寫這個故事。