新疆的航空公司主要包括：
烏魯木齊航空有限責任公司（簡稱「烏魯木齊航空」）。這是一家2013年11月18日經中國民航總局批準籌建的航空公司，總部及運營基地位於烏魯木齊地窩堡國際機場，屬於海航航空旗下的航空公司。
南航新疆分公司和海航新疆分公司。這兩家公司分別是南航和海航在新疆地區的分支機構，主要運營烏魯木齊至國內各大城市以及部分國際航線。
此外，新疆機場集團管轄的機場中，還有多家航空公司落戶，如春秋航空、九元航空、奧凱航空、瑞麗航空、東海航空、上海航空、東方航空、華夏航空、長龍航空、吉祥航空、海南航空、中聯航空、龍江航空、青島航空、國航、山東航空、深圳航空、南航、江西航空、河北航空、廈門航空、四川航空、重慶航空、天津航空、長安航空、福州航空、首都航空、桂林航空、西部航空、金鵬航空、祥鵬航空等。