日式庭院的植物配置強調自然和諧與平衡，以及樹木與周圍環境的協調。植物的選擇和布局通常遵循以下原則：
植物種類多樣。常綠喬木如紅豆杉、日本扁柏、鐵冬青、山茶、日本柳杉等；落葉喬木如榧樹、櫟樹、光葉石楠、櫻花、紫薇等；常綠灌木如日本桃葉珊瑚、馬醉木、杜鵑、厚葉香斑木等；落葉灌木如八仙花、金雀兒、垂絲海棠等；竹類如龜甲竹、金明竹等；地被植物如菖蘭、蝦春蘭、萬年青等。
植物布局與空間相協調。植物種植的位置和高度需與庭院的整體設計、空間大小和形狀相匹配，以增強庭院的美感和功能。
植物與石燈、瀑布等元素相映成趣。常將落葉喬木作為背景，以突出石燈和瀑布的景觀。
植物修剪與形態。部分植物如紅豆杉、松樹等，常被修剪成特定形狀，如圓柱形或球形，以增強其裝飾效果。
此外，植物配置還體現了日本人對自然的敬畏和尊重，以及對和諧、平衡和美的追求。