日本入境流程主要包括以下幾個步驟：
入國審查。在機場到達後，首先走外國人通道，然後領取並填寫入境相關表格，包括入境卡和海關申報單，這些表格可以在飛機上預先填寫以節省時間。在外國人通道排隊時，需提交這些表格，並在此處拍照和按壓指紋，工作人員會檢查護照和簽證的有效性，確認預定活動的真實性，以及是否符合外務省的規定標準，此外，還會檢查是否有攜帶需要上稅的物品。
領取行李。在完成入境手續後，前往行李大廳領取託運的行李。
海關檢查。根據攜帶物品的性質選擇綠色或紅色通道進行海關申報。如果沒有需要申報的物品，走綠色通道；有需要上稅的物品或是不能確定的物品，則走紅色通道。
離開機場。在完成上述所有步驟後，向工作人員出示護照等證件，然後離開機場。
此外，在入境前，可以提前準備好相關材料，如72小時內的PCR檢測證明、商業醫療保險證明、厚生勞動省的Web調查問卷回答、入境前14天的體溫檢測表等，建議隨身攜帶筆、護照、身份證、日本電話卡等，並將這些材料以及護照、身份證等放到隨身的小包里備用。