日本入境時需要準備以下證件：
護照：護照是出入國境的必要證件，用於在機場辦理值機、過海關以及在日本期間作爲身份證明。
在留資格認定證明書：長期簽證持有者需要準備的在留資格認定證明書，用於在機場入國審查時出示，以換取在留卡。
入學許可書：學生入境日本時需要出示的證明，也是辦理入學手續的一部分。
資格外活動許可申請書：留學生若計劃在日本打工，需要填寫並提交此申請書，以獲得打工的許可。
核酸檢測陰性證明：從中國大陸直飛日本的人員需要提供72小時內的核酸檢測陰性證明。
印章：在日本，印章的使用率很高，建議準備直徑12mm-15mm的圓形硬材質印章，用於辦理銀行卡、手機卡、保險等。
請注意，以上信息可能會隨政策變化而更新，建議在出行前確認最新的入境要求。