日本的登機流程主要包括以下步驟：
確認航站樓。需要確認所搭乘飛機所在的航站樓。
提前到達機場。一般需要提前三個小時到達機場，以避免因航班變動或人多而導致的辦理行李託運時間過長。
辦理行李託運。在相應的櫃檯排隊辦理行李託運手續。在排隊時，機場工作人員會要求填寫《日本厚生勞動省關於新型冠狀病毒感染症防控調查問卷》，其中包含在日本的隔離酒店的相關地址、郵編以及電話信息等。填寫完成後，需要截圖保留二維碼。辦理託運時，還需要出示護照和核酸檢測報告。
安檢。過安檢時，不要拍照和拍視頻。過完安檢後，需要再檢查一遍護照等相關檔案是否帶好，不要遺漏在安檢台上。
登機。過完安檢後，按照登機牌上的登機口號，找到相應的登機口，注意登機的提醒。登機時同樣要出示護照和登機牌。
此外，還需要在國內準備好72小時內的核酸檢測報告，需要到領館指定醫院進行核酸檢測。在飛機上還需要填寫一系列表格，包括誓約書、申報單、外國人入境記錄卡和質問票。下飛機後，根據工作人員的引導到達地點排隊等待接受核酸檢測，期間會到達櫃檯回答一些問題，提交護照等提前準備好的資料。