日本物流公司中比較著名的包括：
日本通運株式會社(Nippon Express)。成立於1937年，是日本最大的綜合物流企業，也是世界五大物流公司之一，以其迅速、實幹的風格著稱，提供安全、正確、快捷、低廉和環保的物流服務。
日本郵政(Japan Post)。成立於2003年，隸屬於日本郵政控股公司，擁有27,000個郵局和50個全球倉儲和物流中心，提供國內和國際投遞服務。
佐川急便(Sagawa Express)。成立於1957年，是日本最大的航運和物流服務提供商之一，擁有超過5700名員工和超過260輛送貨車輛的車隊。
大和運輸(Yamato Transport)。成立於1919年，是日本第二古老的貨車運輸公司，提供國際快遞服務。
此外，還有子豚運輸(Koputa Transport)、聯邦快遞物流日本(Fedex Japan)、敦豪日本(DHL Japan)、西鐵國際物流(NNR GLOBAL LOGISTICS)等也是日本知名的物流公司。