日本的關稅計算方式主要依據以下幾個步驟：
確定正確的商品編碼。這通常是根據國際公認的貨物分類系統(HS編碼)來查找對應的關稅稅率表。
判定原產地。根據貿易協定或相關規定確定商品的原產地，原產地的不同可能會影響關稅稅率的確定。
計算關稅金額。根據商品的價值或計量單位，應用適用的關稅稅率進行計算。例如，如果有一批從中國進口到日本的電子產品，假設總價值爲十萬日元，商品編碼爲8517，根據日本關稅稅率表，8517類別商品的關稅稅率爲5%，那麼關稅金額=商品價值×關稅稅率=十萬×0.05=五千日元。
此外，日本的進口稅費通常以貨運價值，即到岸價格(CIF)計算。某些進口商品可能以測量單位計徵。日本關稅稅率一般在0%到30%之間，平均稅率爲4.49%。除到岸價格外，某些關稅也可能以不同的測量單位計徵。例如“按照30%稅率或按每副4300日元，兩者中金額較高者徵收”或是每單位重量徵收一定日元。有些產品是零關稅的，例如3C類、電氣類、傢俱類，但即便零關稅的情況下，也還是會有消費稅。消費稅是針對酒類、菸草和汽油徵收的稅費，標準消費稅稅率爲8%，現在提高到了10%。日本進口商品稅費設有起徵點，例如進口商品貨值(CIF價)不超過10000日元且關稅總額不超過100日元，免徵關稅；進口商品貨值(CIF價)不超過10000日元且消費稅總額不超過100日元，免徵消費稅。