在《星之卡比》GBA版本中，基本的操作如下：
跳躍。使用鍵進行跳躍，再次按下鍵可以在肚子鼓起時飛起來，類似於氫氣球的效果。
吸入和吐出。鍵在肚子空時用於吸氣，可以吞掉敵人，甚至隔著牆壁吸到敵人。在肚子鼓起時按鍵用於吐氣，有攻擊力。
特殊能力。在肚子鼓起時，按向下鍵可以學會敵人的能力，共有25種能力。
移動和衝刺。使用方向鍵進行移動，連按兩次方向鍵可以跑步。在肚子鼓起時，按下+A或+B可以滑壘。
水中行動。在水中，使用鍵進行加速下沉，使用B鍵進行水槍攻擊。
其他操作。使用鍵可以蹲下查看下方，使用START鍵可以進入說明畫面，使用SELECT鍵可以捨棄能力。
此外，還有一些特殊操作和技巧，例如在肚子鼓起時，按下+A或+B可以快速下降，同時吸到兩個有特殊能力的敵人時，獲得的能力將由輪盤決定。在水中，使用鍵可以加速下沉，使用B鍵可以進行水槍攻擊。遊戲中的關卡設計需要玩家探索每個地點以獲得100%的完成度。遊戲還包含多個小遊戲，考驗玩家的微操作技巧。