《星際爭霸》的劇情故事大致可以分為三個階段，每個階段都有其獨特的主線劇情。
第一階段主要講述了人類與黑暗聖堂武士、星靈古老派系高階領主派系之間的故事。這一階段的主線圍繞著黑暗聖堂武士的逃亡、潛伏、反擊，以及人類反抗組織崛起、聯邦分裂、星靈內戰等事件展開。
第二階段主要圍繞著三方勢力逐漸形成了一個新的聯盟，對抗不斷壯大野心勃勃的異蟲。這一階段的主題是保護艾爾，對抗強大的異蟲，以及人類與星靈之間的信任與理解。
第三階段主要講述了星靈的黑暗面和英勇面，以及人類與星靈之間最終的聯合。這一階段的主線是星靈內部黑暗派系與光明派系的陰謀鬥爭，同時人類的軍隊也逐步壯大，最終在三個種族共同努力下擊敗了異蟲。
此外，每個星海爭霸的戰役任務也提供了許多獨立的故事情節，可以進一步探索各個角色的背景和故事。
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