《智代after》是一款視覺小說遊戲，玩家在遊戲中做出的選擇將決定故事的發展方向和結局。以下是一些關鍵的選擇和對應的劇情走向：
序章的選擇主要影響CG的獲取。例如，6月28日的對話選項、6月30日關於電動機的選擇等。這些選擇正確與否會影響CG的獲取。
7月1日的選項影響後續劇情。例如，選擇接吻會進入不同的分支，7月2日的選項播放開場動畫或跳過則直接關係到是否能進入後記。
7月7日確認智代的行李或內衣會影響後續對話的內容。
7月9日的選項去公寓或不去尋找會影響劇情走向。特別是「不去尋找」的選項會在7月21日進入BE。
7月10日的選項默默忍耐可以獲得一張感人的CG，而選擇「你別去」則會在8月6日進入BE。
7月11日的選項利用午睡的とも或什麼都不想做會影響劇情，前兩個劇情相同，第三個晚上時會多出一句語音。
第三個轉折點是不能無視煙花。選擇不無視會繼續遊戲，否則會導致壞結局。
第四個轉折點是代替智代打架。代替或不代替會影響劇情走向。
第五個轉折點是不能告訴智代你去打架。告訴或不告訴會影響結局。
第六個轉折點是有意想不到的人來幫忙。不讓幫忙或換人會決定劇情發展。
第七個轉折點是解決鷹文問題時不要逼問鷹文的過去。逼問或不逼問會影響結局。
第八個轉折點是偽轉折點，在和小智母親見面後，選擇歡聲笑語中結束遊戲或智代自己去承擔一切會影響遊戲的最終結局。
這些選擇和劇情走向共同構成了遊戲的完整體驗。玩家在遊戲中做出的每個選擇都可能帶來不同的結果和體驗。