曹操殺華佗的原因主要有以下幾點：
華佗自恃有才，觸怒曹操。華佗因不滿曹操的統治，拒絕爲其繼續治療，並以此爲藉口離開許都，回到家鄉。華佗的行爲激怒了曹操，導致曹操下令將其逮捕並最終處死。
醫療條件有限，華佗提議的風險性極大的治療方式。華佗提出爲曹操進行開顱手術，但當時醫療條件極差，這種手術風險極大，加上曹操本身的多疑性格，認爲華佗可能有害於他，因此決定殺掉華佗。
華佗不聽管教，屢次違反命令。華佗作爲曹操的私人醫生，卻多次請假不歸，甚至欺騙曹操，這種行爲激怒了曹操，最終導致他被捕並處死。
華佗的政治野心和對曹操的威脅。華佗作爲有才能的醫者，本可以藉此機會接近權貴人物，改變自己的命運。他故意推辭曹操的徵召，以此作爲與曹操達成某種協議的手段。曹操作爲一位雄主，自然不會容忍這種脅迫，因此決定處死華佗。
綜上所述，華佗的個性、行爲方式以及與曹操之間的權力鬥爭都是導致他被殺的原因。