《最後生還者》的故事主要圍繞兩個主角展開：
* 男孩「喬爾」，他是一名因為女友感染病毒而砍傷妻子右臂的傷者，此後喬爾便踏上尋找並保護女兒的旅程。在遊戲過程中，喬爾因為自身的創傷而失去了右臂，在經歷種種生死考驗後，他逐漸意識到自己的內心深處並非冷漠無情。
* 女孩「艾莉」，一個因病毒感染後被摧毀的少女，她失去了家人，並被送到了避難所。艾莉在避難所中成長，並逐漸成為了一名強大的戰士。她對人類與自然之間的聯繫有著獨特的理解，並渴望找到一個可以讓她安心生活的地方。
遊戲的故事主要圍繞這兩個角色之間緊密的紐帶和各自的生存掙扎展開。喬爾在旅程中不僅要保護艾莉，還要揭開避難所背後的秘密；艾莉則希望逃離避難所，尋找更廣闊的世界。
故事還涉及到社會崩潰和人類生存的問題，包括人性、友情、生存、希望和失去等主題。總的來說，《最後生還者》的故事是非常引人入勝和有深度的。