《最終幻想起源》的故事發生在一個名為“阿卡迪亞”的星球，這個星球因為一個名為“諸神黃昏”的預言而陷入混亂。在這個世界中，五大國家爭奪霸權，各種神秘的種族和組織也各懷野心。故事的主角是一個名為“索菲婭”的年輕女子，她為了尋找自己的身世之謎而踏上了一段冒險之旅。
在冒險的過程中，索菲婭結識了一群志同道合的朋友，包括一位名叫“艾瑞克”的英勇騎士、一位神秘莫測的魔法師“艾爾文”、一位身懷絕技的弓箭手“莉娜”等。他們一起面對各種挑戰和危險，逐漸揭開了一個更加龐大的陰謀。
最終，索菲婭和她的朋友們必須戰勝一個名為“混沌之王”的邪惡勢力，拯救阿卡迪亞星球。在這個過程中，他們也學會了成長、友誼和犧牲，最終成為了真正的英雄。
此外，《最終幻想起源》還引入了一些新的角色和設定，例如主角索菲婭的起源之力、幻境中的英雄們以及五大國家背後的神秘組織等。這些元素共同構建了一個龐大而複雜的故事世界，為玩家提供了豐富的劇情線和角色發展。