木瓜海棠的修剪主要涉及以下幾個方面：
剪當年新枝。在秋季，對當年的新枝進行適當縮剪，去除頂部過長和過嫩的部分，以維護整體株型，並促進新枝的老化成熟，爲來年的二級和三級枝生長打好基礎。
剪病枝和弱枝。在木瓜海棠落葉後，剪除生長過弱或已經病害的枝條，以節省養分消耗，使健康枝幹能繼續茁壯生長。
疏芽。春季主要是疏芽，避免芽點過密，阻礙後期的生長和開花。
夏季修剪。夏季要將徒長枝剪短，保持枝條長度適中，以便養分集中，利於生長。
冬季修剪。冬季主要是修剪病蟲害枝和瘦弱枝，節省養分消耗，利於過冬，並有利於明年的開花。
修剪整枝。保留中、短果枝，對長枝進行短剪，剪除過密枝、乾枯枝、病蟲枝，並根據所需樹形進行修剪。若要使樹冠圓滿，則疏密養稀，剪去過密枝條，對枝條稀疏的部位垂剪，以便多發側枝。
更新開花枝。每年更新3~4支新枝，多餘的修剪掉，以保持樹形美觀。
此外，修剪後建議與施肥相互配合，以支持樹木的健康快速成長。