木瓜籽可以通過多種方式食用或利用其功效，以下是一些常見的食用方法：
直接食用。雖然木瓜籽可以直接食用，但許多人可能無法接受其苦澀味，可以將木瓜籽逐漸增加到飲食中，從少量開始，每周增加一點，以減少消化不適。
製作飲料。可以製作木瓜籽香蕉汁或木瓜籽蜂蜜水，這些飲品不僅美味，還有助於利用木瓜籽的營養價值。
烹飪使用。在烹飪過程中，可以將木瓜籽用於醃製肉類，或者將其磨碎後作為調味品使用，增加食物的風味。
煮粥。將木瓜和大米一起煮粥，加入洗淨的木瓜籽，可以製作成營養豐富的早餐或晚餐。
除了直接食用，木瓜籽還可以用於製作美容護膚品或經過提純加工後用於藥用，例如，木瓜籽中的木瓜酵素可以幫助軟化肉類，而富含的鋅對神經系統發育有好處。需要注意的是，雖然木瓜籽有許多潛在的健康益處，但過量食用可能會導致消化不良等問題，因此建議適量食用。