木製佛珠有多種，主要包括以下幾種：
紫檀屬：包括檀香紫檀（印度）、越柬紫檀（越南、高棉、泰國）、安達曼紫檀（印度、安達曼群島）、刺蝟紫檀（熱點非洲）、印度紫檀（主產於印度、緬甸、菲律賓、巴布亞紐幾內亞、馬來西亞、印度尼西亞、中國的廣東、廣西、海南及雲南引種栽培）、大果紫檀（緬甸、泰國、寮國）、囊狀紫檀（印度）、鳥足紫檀（東南亞中南半島）。
黃檀屬：包括降香黃檀（中國海南）、刀狀黑黃檀（緬甸）、黑黃檀（東南亞及中國雲南）、闊葉黃檀（印度、印尼的爪哇）、盧氏黑黃檀（馬達加斯加）、東非黑黃檀（非洲東部）、巴西黑黃檀（巴西）、亞馬孫黃檀（巴西）、貝里斯黃檀（貝里斯）、巴西黃檀（熱帶非洲）、賽川黃檀（巴西）、交趾黃檀（越南、泰國、高棉）、絨毛黃檀（巴西）、中美洲黃檀（墨西哥等中美洲）、奧氏黃檀（緬甸、泰國、寮國）、微凹黃檀（中美洲）。
崖豆屬、鐵刀木屬：包括非洲崖豆木（非洲剛果盆地）、白花崖豆木（緬甸、泰國）、鐵刀木（東南亞、中國雲南、廣東引種栽培）。
柿樹屬：包括烏木（斯里蘭卡及印度南都）、厚瓣烏木（熱帶西非）、毛藥烏木（菲律賓）、蓬萊烏木（菲律賓）、蘇拉威西烏木（印尼蘇拉威西島）、菲律賓烏木（菲律賓）。
其他種類：沉香佛珠、印度小葉紫檀佛珠、大葉紫檀佛珠、印度老山檀水沉佛珠、印度老山檀水浮佛珠、東非黑黃檀佛珠、東非黑黃紫光檀佛珠、海南黃花梨佛珠、越南黃花梨佛珠、紫檀枊佛珠、紅酸枝佛珠、黑酸枝佛珠、巴西花梨佛珠、金絲楠佛珠、金絲楠陰沉木佛珠等。