林耀祖的死因是心肌梗塞，並且由於搶救不及時而死亡。儘管有傳言稱他的死可能與林宗輝有關，但經過公安機關的調查，林宗輝並沒有責任。這些傳言可能是由於林耀祖支持林宗輝當選村主任而引起了他哥哥林耀東和弟弟林耀華的不滿。