柚子酵素的做法有多種，以下是兩種常見的做法：
做法一：
準備柚子皮、紅糖或raw sugar、水。按照1:3:10的比例準備，即1份柚子皮、3份紅糖或raw sugar、10份水。
柚子洗淨去皮切絲，裝進瓶子（可以是牛奶瓶或其他塑膠瓶）。
加入糖和水，混合均勻。
蓋上瓶子蓋子（不要擰緊），寫上日期。
在發酵的過程中，會有很多氣體產生，每天都要打開瓶蓋放氣，防止瓶子炸裂。一個月後氣體很少了可以幾天打開一次放氣。
三個月後就做好了。
做法二：
準備羅漢果、金銀花、柚子、糖、酵素養水。羅漢果去皮，果肉弄小塊；金銀花稱10g；柚子去皮去粒捏碎。
用電子稱稱400g糖，加入裝有3L純淨水或酵素養水的酵素桶，溶解待用。
激活菌粉，在量杯中加入適量35℃左右溫水，將1包菌粉倒入其中，靜置溶解。
將處理好的羅漢果與金銀花分別稱10g，並倒入鍋內煮5分鐘左右。
將煮後的羅漢果、金銀花放涼後與柚子一起倒入酵素桶內。
將激活好的菌粉倒入酵素桶內，攪拌均勻。
蓋好酵素桶蓋後放入酵素機內，選擇「鮮釀酵素」功能，按開始鍵。
入機12小時後，需每天開蓋攪拌1-2次。
發酵72-80小時左右，嘗試味道，有少於酒味藥味，帶有痲舌感便可起桶，分裝入瓶，放入冰櫃中保存。
以上兩種做法都可以製作出柚子酵素，具體選擇哪種做法可以根據個人口味和製作條件來決定。