棉籽殼的用途主要包括：
食用菌栽培。棉籽殼是一種常見的食用菌栽培原料，可以用於培養各種食用菌，如平菇等。
有機肥料。棉籽殼含有豐富的植物所需的營養元素，如氮、磷、鉀等，可用作有機肥料，改善土壤質量，提高土壤保水保肥能力。
飼料添加劑。棉籽殼富含蛋白質和纖維素，可用作動物飼料的添加劑，提供營養並促進消化吸收。
生物質能源。棉籽殼是一種理想的生物質能源原料，可用於燃燒發電、取暖和工業生產，減少對化石燃料的依賴。
建材行業。由於棉籽殼的輕質和吸聲特性，可用於製造隔音板、隔熱板和牆面材料等。
製糖和制油。棉籽殼中含有一定比例的糖份和油脂，可用於製糖和油脂加工過程中的能源替代。
製作沼氣。棉籽殼是製作沼氣的重要原料，通過發酵產生沼氣，用於替代液化氣或用於工業生產。
此外，棉籽殼還可用於土壤改良、環境保護、建材、製糖、制油等多箇領域。