《棋靈王》的故事圍繞著少年天才少年佐為（SAI），他是將圍棋世界化作自己的世界的圍棋之神，但卻在神界因為追趕落入棋盤上的惡靈而被陷落至人間。成為了主角高橋名人的圍棋導師。他的主要任務就是陪伴小學生一起練習，成為人們傳說中的那名老師——“千年棋鬼”，只有完成此項任務的少年才有重返天界的機會。主角大人 名因為非常尊敬崇拜佐為的原因，努力的陪他一起學習，他們並肩作戰，不斷成長。故事在少年們一起經歷各種圍棋比賽的同時展開，向讀者展示了一幅圍棋的畫卷，展現出了各種精彩的棋局。在故事的最後，因為主人公的名人的不斷努力和不斷的向世界挑戰，成功挽回了當初將棋靈王的位置，也成功的將佐為從鬼門關拉了回來，讓他得以繼續陪伴在名人的身邊。
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