檔案碎片整理是一種最佳化硬碟性能的方法，主要通過系統軟體或專業軟體對電腦磁碟在長期使用過程中產生的碎片和凌亂檔案進行重新整理，以提高電腦的整體性能和運行速度。
檔案碎片產生的原因主要是檔案的反覆寫入和刪除，導致檔案在磁碟上分散保存，而不是連續地保存在磁碟連續的簇中。這些碎片的增加會降低硬碟的訪問速度，增加磁頭的來回移動，進而影響系統的性能。
檔案碎片整理的方法主要包括使用作業系統自帶的磁碟碎片整理工具，如Windows作業系統中的磁碟清理工具，或使用第三方磁碟碎片整理工具，如AuslogicsDisk。在進行磁碟碎片整理時，可以先備份重要數據，以防止意外數據丟失，並且最好先進行磁碟清理，刪除臨時檔案、系統日誌等不必要的檔案，以釋放磁碟空間，加速碎片整理的過程。
此外，定期進行磁碟碎片整理是很重要的，一般家庭用戶可以每個月進行一次，而商業用戶和伺服器可以每半個月進行一次。但這也取決於碎片的比例，如果在Windows 7等系統中，碎片超過10%，則需要進行整理。